1- تنش های محیطی بلند مدت ( خشكی – حرارت زیاد و یخبندان – غرقاب(…
2- استفاده بی رویه از سموم شیمیایی
3- عدم حضور گیاه میزبان مناسب به مدت طولانی 
طبقه بندی كودهای زیستی ( بیولوژیك )
الف )با توجه به نوع میكروارگانیسم ها كودهای بیولوژیك را می توان به صورت زیر طبقه بندی كرد:
1- كودهای بیولوژیك باكتریایی ( ریزوبیوم – ازتوباكتر – آزوسپریلیوم (…
2- كودهای بیولوژیك قارچی ( میكوریزا(
3- كودهایبیولوژیك جلبكی ( جلبكهای سبز – آبی و آزولا(
4- كودهای بیولوژیك اكتینومیست ها ( فرانكیا )

ب )با توجه به اعمالی كه میكروارگانیسم ها انجام می دهندكودهای زیستی به شرح ذیل تقسیم بندی می شوند:
1- تثبیت كننده های ازت مولكولی
2- قارچهای میكوریزا
3- میكروارگانیسم های حل كننده فسفات های نامحلول
4- باكتری های ریزوسفر محرك رشد
5- میكروارگانیسم های تبدیل كنندهمواد آلی زاید به كمپوست
6- كرم های خاكی تولید كننده ورمی كمپوست 
تثبیت كننده های ازت مولكولی :
با سابقه ترین و در حالحاضر رایج ترین انواع كودهای زیستی مربوط به تثبیت كننده های ازت است كه در سطح جهانی مجموع مقدار ازتی كه از این طریق به خاك اضافه می شود حدود 175 میلیون تن درسال بر آورد شده است. در چند دهه اخیر با توجه به افزایش جمعیت و تقاضای روز افزون برای مواد غذایی از كودهای شیمیایی به عنوان ابزاری برای نیل به حداكثر تولید درواحد سطح استفاده بی رویه شده كه از جمله زیان ها و پیامدهای آن علاوه بر اتلاف سرمایه و خسارت مالی . شامل آلودگی منابع آبی و خاك. به هم خوردن تعادل عناصر غذایی خاك . كاهش بازده محصولات كشاورزی در اثر كمبود یا سمی بودن عناصر. تجمع موادآلاینده ( نظیر نیترات ) در اندام های مصرفی محصولات زراعی و بطور كلی به خطرافتادن حیات و سلامتی انسانها و سایر موجودات زنده بوده است. امروزه رایج ترین كودهای میكروبی عرضه شده در سطح وسیع تجارتی مربوط به باكتری های تثبیت كننده ازت ومهمترین آنها مورد توجه برای استفاده های علمی شامل ریزوبیوم ها در همزیستی بالگومینوزها. فرانكیا با انواعی از گیاهان چوبی غیر لگومینوز. آزوسپریلیوم برای غلات و سیانو باكترها به حالت آزاد و یا همزیست با آزولا برای شالیزارهاست.
قارچهای میكوریزا
واژه میكوریزا اولین بار ازسوی فرانك در سال 1885 ارائه شد. میكوریزا از دو كلمه ( Myco ) به معنی قارچ و ( Rhiza ) به معنی ریشه تشكیل شده است. میكوریزا نشان دهنده مشاركت در همزیستی بین قارچ و ریشه گیاه میزبان می باشد . در این سیستم قارچ پوشش گسترده ای از رشته های نخ مانند به هم تابیده به نام میسیلیوم را در اطراف ریشه گیاه میزبان تشكیل می دهددر این همزیستی قارچ قند، اسید های آمینه ، ویتامین ها و برخی مواد آلی دیگر را ازمیزبان دریافت و در مقابل معدنی و بیشتر از سایر مواد فسفات را خاك جذب و در اختیارگیاه قرار می دهد. اكثر گیاهان قادر به تشكیل سیستم میكوریزایی هستند بطور كلی 83درصد از دولپه ای ها و 79 درصد از تك لپه ایها قادر به تشكیل سیستم میكوریزایی هستند. تعداد محدودی از گیاهان زراعی قادر به تشكیل سیستم میكوریزایی نیستند وبیشتر این گیاهان از خانواده های ( Cruciferae ) نظیر جنس های (Sinpsis ، Brassica) و خانواده Chenopodiaceae جنس Beta و خانوادهPolygonaceae جنس Fagopyrum میباشند. 
جنبه های زیست شناختی میكوریزا: 
میكوریزا بر اساس وضعیت قرار گرفتن میسیلیوم های آنها روی ریشه گیاهان میزبان به دو گروه كلی تقسیم میشوند.
الف ) میكوریزایبیرونی ( Eetomycorrhizae ) 
این نوع میكوریزاها بیشتر در اكوسیستم های جنگلی كه دارای مخلوطی ازدرختان پهن برگ و سوزنی برگ هستند مشاهده می شود . در این نوع همزیستی قارچ تولیدمیسیلیوم انبوه و متراكمی روی سطح ریشه می كند ولی با این نوع قارچ آلوده شده اند با پوشش متراكمی از ریسه قارچها پوشیده شده اند و مستقیم با خاك تماس ندارند.این نوع میكوریزا از راه افزایش سطح جذب ریشه باعث افزایش تحمل به خشكی گیاه میزبان به خصوص در مناطق خشك می شوند.
ب ) میكوریزای درونی ( Endomycorrhizae) 
در این نوع میكوریزا آثار قارچی روی ریشه میزبان قابل مشاهده نیست و از نظر ظاهری فرقی بین ریسه های آلوده و غیر آلوده ندارد. هیف این قارچها از راه تارهای كشنده یا از راه سلول های اپیدرمی ریشه وارد سلول میزبان می شوند. هیف پس از ورود به سلول میزبان تولید شبكه ای می كند كه این شبكه از رشته های نازك دو شاخه ای بنام آربا سكول تشكیل شده كه دارای ساختاری شبیه اندام های مكنده می باشد تبادل متابولیت ها بین قارچ و سیتوپلاسم میزبان از طریق همین مناطق آرباسكول ها انجام می گیرد.آرباسكول معمولا 20 الی 40 درصد حجم سلول را در بر میگیرند پس از مدتی از بین رفته و هضم می شوند. انشعابات میسیلیوم های درونی ساختمانهای كیسه مانندی با دیواره ضخیم ایجاد می كنند كه به آنها وزیكول می گویند. وزیكولاندام های ذخیره ای مواد غذایی و همچنین شكل پایدار قارچ هستند وجود ساختمان هایوزیكول و آرباسكول در این نوع میكوریزاها سبب شده است كه آنها را قارچهای وزیكولارآربا سكولار بنامند.  

مراحل تشكیل سیستم میكوریزایی
پس ازآن كه كلامیدوسپور در محیط مناسبی قرار گرفت جوانه زده و تشكیل میسیلیوم اولیه رامی دهد اسپور قارچهای همزیست با ریشه گیاهان همگامی جوانه می زنند كه ریشه هایگیاهان میزبان تشكیل شده باشند ترشح مواد از سطح ریشه گیاه میزبان می تواند جوانه زنی اسپور را تحریك كند و سبب رشد جهت دار میسیلیوم به سمت ریشه گیاهان میزبان شود. این مواد همچنین در سرعت رشد هیف، منشعب شدن آن و تشكیل كلاف میسیلیومی تاثیردارند. ترشحات ریشه اش بسته به نوع گیاهان ممكن است مواد فرار ، مواد قابل حل در آب و یا مواد متصل به سطح ریشه باشند. هنگامی كه لوله هیف كنار ریشه گیاه میزبان قرارمی گیرد تحریك می شود و به سطح ریشه گیاه میزبان می چسبد و در مرحله پایانی هیف درسطح ریشه گیاه میزبان نفوذ می كنند و وارد سلولهای ریشه میشوند

میكوریزا و اثرات اغذیه ای آن در گیاه میزبان
تحقیقات متعدد نشان می دهد كه فسفر ، ازت، پتاسیم ، روی ، مس ، گوگرد، كلسیم وآهن توسط سیستم میكوریزا جذب می شوند و به گیاه منتقل می شوند . بطور كلی مكانیسم جذب از طریق افزایش حجم خاك قابل دسترس توسط ریسه های قارچ است. در بین عناصر غذاییبیشترین نقش مایكوریزا در جذب فسفر است. نقش میكوریزا در تغذیه ازته گیاه به دلیل دارا بودن ضریب پخش زیاد آن ناچیز است. افزایش جذب ازت بوسیله سیستم های میكوریزایی بخصوص در میكوریزاهای بیرونی همزیست با گیاهان جنگلی مشاهده شده است. هنگامی كه فسفر خاك در سطح پایینی باشد سیستم میكوریزا جذب فسفر و در نتیجه رشد گیاه را به نحوه چشمگیری افزایش می دهد . هیف ها قادر هستند كه فسفات را از 15 سانتی متر سطح ریشه تا چند متری عمق خاك زیر ریشه دریافت كنند. همچنین هیف ها در منافذی از خاكنفوذ می كنند كه امكان نفوذ تارهای كشنده ریشه وجود ندارد ( قطر تارهای كشنده حداقل 20 میكرومتر است در حالیكه هیف ها حداكثر 2-1 میكرو متر می باشند ) بعلاوه هیف هااز راه افزایش سطح تماس یا از راه افزایش طول موثر ریشه جذب عناصر غذایی را به شدت افزایش می دهند. طبق اظهارات آلن و همكاران ( 1992) هر یك سانتیمتر مكعب خاك دارای 2 الی 4 سانتیمتر ریشه ، 1 تا 2 متر تارهای كشنده و بیش از 50 متر هیف می باشد. قسمت اعظم فسفر موجود در خاك غیر محلول و غیر قابل استفاده مستقیم گیاه است. مطالعات متعدد نشان داده است كه میكوریزاها می توانند آنزیم فسفاتاز سنتز كنند و ازاین راه امكان دسترسی به فسفر را افزایش دهند. برخی از انواع میكوریزاها اسیدهایكلات كننده تولید می كنند و از این راه حلالیت فسفر را برای جذب افزایش می دهند. 
نقش میكوریزا در بهبود جذب آب
شواهد بسیار زیادی وجود داردكه نشانگر این است كه میكوریزا می توانند سبب تغییراتی در روابط آبی گیاه و بهبودمقاومت به خشكی و یا تحمل در گیاه میزبان شود. بسیاری از محققین این خصوصیت را یكواكنش ثانویه در نتیجه بهبود جذب عناصر غذایی می دانند . افزایش هدایت هیدرولیكی آبدر درون گیاهان میكوریزایی به شرح ذیل می باشد.
1- افزایش مجموع سطح ریشه به دلیل ایجاد پوشش وسیع میسیلیومی در منطقه ریشه و تارهای كشنده
2- نفوذ هیف بهدرون كورتكس ریشه و از آنجا به منطقه آندودرم یك مسیر كم مقاومی را در عرض ریشه برای حركت آب فراهم می آورد و آب با مقاومت كمتری در عرض ریشه تا رسیدن به آوندچوبی روبرو می شود.
3- هیف از راه افزایش جذب عناصر غذایی مقاومت به انتقال آبرا در درون ریشه كاهش می دهد.
4- میكوریزا رشد ریشه را افزایش داده و به دنبالآن یك سیستم گسترده از ریشه را برای جذب آب فراهم می نماید.در مطالعات دیگری مشخص شد كه جذب Co2 در حضور نور در گیاهان میكوریزایی بیشتر است لذا فتوسنتزبالاتری دارند. افزایش جذب Co2 در گیاهان میكوریزایی مربوط به كاهش مقاومت فاز مایع سلول های مزوفیلی برای عبور Co2 می باشد. هرایدولیتون ( 1988 ) روابط آبی گیاه رادر سطوح مختلف غلظت فسفر مورد بررسی قرار دادند در این مطالعه مشخص شد كه با افزایش میزان فسفر خاك تاثیر مفید میكوریزا كاهش می یابد و حداكثر تاثیر میكوریزا در سطوحپایین فسفر ظاهر می شود. میلر ( 2000 ) گزارش نموده است كه در گیاهان میكوریزایی بهدلیل افزایش فتوسنتز و تولید بیشتر مواد فتوسنتزی به ازای واحد آب مصرفی كارایی مصرف آب افزایش می یابد. قاضی و كاراكی ( 1988) بیان داشتند كه گیاهان میكوریزاییبه ازای تولید هر واحد ماده خشك آب كمتری مصرف می كنند. بنابراین ( WUE ) بالاتری دارند و WUE در گیاهان میكوریزایی در شرایط تنش خشكی محسوس تراست.میكوریزا و اختصاص مواد فتوسنتزی
شواهد بسیار زیادیوجود دارد كه گیاهان می توانند سرعت فتوسنتز خود را افزایش دهند تا نیازهای همزیست خود را تامین نمایند این عمل از طریق افزایش سطح برگ و افزایش مقدار تثبیت Co2 بهازای واحد وزن برگ انجام می گیرد. گیاهان میكوریزایی در دوره های خشكی بهتر ازگیاهان غیر میكوریزایی Co2 را جذب می نمایند. آلن و همكاران بیان داشتند ( 1986 ) كه با وجود انتقال بیشتر مواد فتوسنتزی به ریشه ها در گیاهان میكوریزایی این انتقال تاثیری بر وزن خشك نمی گذارد این محققین تایید كردند كه بخشی از فتوسنتز اضافی درگیاهان میكوریزایی به وسیله خود میكوریزا مصرف می شود.میكوریزا و واكنشهای مرفوفیزیولوژیكی
گاهی اوقات سیستم های میكوریزایی تغییرات مرفولوژیرا در گیاه ایجاد می نمایند كه سرانجام آن بهبود بقاء و رشد مناسب تر گیاه می باشد. كریشنا و همكاران و ( 1981 ) بیان داشتند كه میكوریزا پیچش و زایه برگها را تغییرمی دهد و گیاه این واكنش را در جهت تنظیم و محدودیت جذب تشعشع و برقراری تعادل انرژی در برگ انجام می دهد. در این شرایط گیاهان غیر میكوریزایی از زیادی جذب تشعشعو گرما بشدت آسیب دیده و كاهش رشد نشان دادند. آلن و همكاران ( 1982 ) گزارش كردندكه تغییرات هورمونی در گیاه با آلودگی میكوریزایی در ارتباط است و تغییراتمرفولوژیك برگ را در نتیجه واكنش به تغییرات هورمونهای گیاهی گزارش كردند. همچنیناین دانشمندان در سال 1980 افزایش غلظت سیتوكنین را در برگ ها و ریشه كراس ها كه همزیستی میكوریزایی داشتند گزارش كردند. در ضمن در سال 1986 نشان دادند كه در شرایطتنش خشكی میكوریزا فنولوژی گل را به تاخیر می اندازد.دز ضمن دانشمندان دیگری افزایش میزان كلروفیل را در گیاهان میكوریزایی گزارش كرده اند.میكروارگانیسمهای حل كننده فسفاتهای نامحلول
میكرو ارگانیسم های حل كننده فسفات بصورت ساپروفیت در منطقه ریشه ( ریزوسفر) فعالیت نموده و با مصرف ترشحات ریشه تركیبات نامحلول فسفات ( مانند تری كلسیم فسفات ) را بصورت محلول قابل جذب گیاه درمی آورند . این میكروارگانیسم ها با تولید و ترشح اسید های عالی اعم از مالیك ،سوكسینیك ، پیروپیونیك ، لاكتیك ، سیتریك ، كتوگلونیك ، در حلالیت فسفاتهای معدنی وكم محلول موثر می باشند و بعلاوه بسیاری از آنها با تولید آنزیم فسفاتاز آزاد شدن فسفر از تركیبات آلی فسفر دار را موجب می شوند.در روسیه كود بیولوژیكی تجاریتحت عنوان فسفر باكتریل برای اولین بار با مخلوط كردن گونه Bacillus Megateriam واریتهPhosphaticum تهیه شد كه به دلیل تاثیر آن در افزایش عملكرد به میزان 5 تا 10 درصد در مقایسه با گیاه شاهد بطور گستردهای در این كشور و كشورهای اروپای شرقیمورد استفاده قرار گرفت . در دهه های اخیر قارچها نیز مورد توجه قرار گرفته اند وكودهای میكروبی مانند میكروفوس با مخلوطی از میكروارگانیسم های حل كننده فسفات تهیه می شود. باكتری های مورد استفاده از دوجنس باسیلوس ( Bacillus ) و پسودوموناس ( Pseudomonas ) آسپرژیلوس ( Aspergilleus ) انتخاب شده اند. در هند برای استفاده ازمنابع فسفاتی موجود در كشور ( سنگ فسفات ) این میكروارگانیسم ها مورد توجه قرارگرفته اند. نتایج بررسی ها حاكی از وجود رابطه سینرژیستی بین این میكروارگانیسم هاو قارچهای میكوریزی است بطوریكه تلقیح همزمان آنها به گیاه افزایش جذب فسفر و رشدبهتر گیاه را در پی داشته است. در استرالیا از باكتریهای تیوباسیلوس برای تولیدكودی بنام بیوسوپر استفاده می شود. تلقیح گونه های فعال این باكتری به مخلوط سنگفسفات و گوگرد با انجام اكسیداسیون گوگرد و تولید اسید سولفوریك موجب آزاد شدن فسفراز سنگ فسفات می شود. در ایران نیز پس از طی مراحل متعدد 22 سویه باكتری حل كننده فسفات از خاكهای بومی ایران جدا سازی شد و از این تعداد در نهایت دو سویه برتر برای فرمولاسیون كود زیستی تحت عنوان فسفاته بارو – 2 انتخاب گردید . كود زیستی بارور – 2 كه حاوی دو نوع باكتری می باشد با تولید اسیدها آلی باعث رها سازی فسفات ازتركیبات معدنی و با تولید و ترشح آنزیم فسفاتاز باعث رها سازی فسفات از تركیبات آلی می شود . هم اكنون محصول در بسته های 100 گرمی پودر جامد مرطوب ، استریل و قابل نگهداری در دمای اتاق به مدت حداقل شش ماه عرضه می شود. هر بسته برای مصرف در یك هكتار به همراه حداكثر 50 درصد كود شیمیایی فسفاته مصرفی توصیه شده برای هر مزرعه بكار می رود.